Organizační a kompetenční změny Celní správy ČR vyvrcholí 1. července 2025, kdy dojde k novému organizačnímu uspořádání Celní správy ČR a k redefinici kompetencí, které budou celníci nově vykonávat. Původních patnáct celních úřadů bude nahrazeno šesti s působností pro více krajů.
Od roku 2023 připravovaná transformace celní správy vychází z přijaté strategie Generálního ředitelství cel na období let 2023 až 2026 a reaguje mimo jiné na potřebu zvýšení efektivity, dosažení úsporných opatření, snížení administrativní zátěže podnikatelů a posílení moderního řízení veřejné správy.
Výhodou nového uspořádání je rozšíření působnosti nově vzniklých celních úřadů přes hranice krajů, což umožní např. hlídkám dohledu operativněji reagovat v terénu. Nástupnický Celní úřad v Praze dostane pod svá křídla Celní úřad Praha Ruzyně, a Celní úřad v Brně vysočinské celníky ze Stříteže u Jihlavy. Celní úřad v Liberci vznikne sloučením čtyř celních úřadů – pro Liberecký, Ústecký, Královehradecký a Pardubický kraj. Celní úřad v Plzni rozšíří působnost o Jihočeský a Karlovarský kraj a Celní úřad v Ostravě vzniká spojením stávajících Celních úřadů pro Moravskoslezský, Olomoucký a Zlínský kraj. Nově se zřizuje i Celní úřad pro Středočeský kraj, jehož působnost se omezuje na region Střední Čechy z důvodu koncentrace velkého počtu podnikatelských subjektů.
V rámci působnosti těchto celních úřadů jsou zřízena pracoviště celních úřadů určená pro veřejnost na základě rozkazu generálního ředitele GŘC. Aktuální adresy celních úřadů včetně úkonů, které může veřejnost učinit na jednotlivých pracovištích, jsou k dispozici na internetových stránkách celní správy. S ohledem na vysoký stupeň digitalizace celních a daňových procesů celní správy bude obchodní veřejnosti nadále zajištěna obslužnost celními úřady.
Nové definování kompetencí celní správy bylo stanoveno tzv. celnickým balíčkem (zákon č. 218/2025 Sb.) a změnou dalších zákonů (např. silniční zákon). Od 1. 7. 2025 nebude například celní správa sbírat údaje od osob pěstujících mák setý a rostliny konopí (tato agenda přechází na Ústřední kontrolní a zkušební ústav zemědělský), nebude vykonávat agendu dle zákona o podporovaných zdrojích energie (tato kompetence přechází na Státní energetickou inspekci) ani kontrolovat nízkorychlostní vážení (přechází na Inspekci silniční dopravy). Oproti tomu budou celníci nově vykonávat např. činnosti v oblasti denaturace lihu nebo vybírání a vymáhání veřejnoprávních pohledávek.
Nadále se Celní správa ČR bude plně soustředit na oblast celního a daňového řízení, vybírání a vymáhání pokut a dalších nedoplatků (dělená správa), hazard a další operativně pátrací a kontrolní činnosti v rámci Sekce pátrání a dohledu.
