k dalším kompetencím celní správy patří:
Kontrolní oprávnění v oblasti silniční dopravy
(vážení nákladních vozidel, kontrola elektronického mýtného a časového zpoplatnění, kontrola uhrazení nedoplatku, kontrola dodržování mezinárodních sankcí).
Kontrola nakládání s odpady, s obalovým materiálem, dohled nad bezpečností dovážených potravin, ochrana spotřebitele, atp.
Kontrola ochrany práv duševního vlastnictví (zákon č. 355/2014 Sb., o působnosti orgánů Celní správy České republiky v souvislosti s vymáháním práv duševního vlastnictví; vyhláška č. 358/2014 Sb., k provedení některých ustanovení zákona o působnosti orgánů Celní správy České republiky v souvislosti s vymáháním práv duševního vlastnictví; nařízení Evropského parlamentu a Rady (EU) č. 608/2013 zde dne 12. června 2013 o vymáhání práv duševního vlastnictví celními orgány a o zrušení nařízení Rady (ES) č. 1383/2003; prováděcí nařízení Komise (EU) č. 1352/2013 ze dne 4. prosince 2013, kterým se zavádějí formuláře upravené nařízením Evropského parlamentu a Rady (EU) č. 608/2013 o vymáhání práv duševního vlastnictví celními orgány).
Kompetence v rámci Integrovaného záchranného systému státu – jako spolupůsobící na vyžádání s dalšími bezpečnostními a záchrannými sbory při mimořádných a krizových situacích.
Kompetence na úseku potírání mezinárodního terorismu a ochrany společného trhu Společenství (např. zákon č. 18/1997 Sb., o mírovém využívání jaderné energie a ionizujícího záření /atomový zákon/, zákon č. 281/2002 Sb. upravující zákaz bakteriologických, biologických a toxinových zbraní, zákon č. 19/1997 Sb. upravující zákaz chemických zbraní, kontroly vývozu zboží a technologií dvojího užití, kontroly v oblasti ozónové vrstvy země, atd.).
Kompetence na úseku nakládání se surovými diamanty – (zákon č. 440/2003 Sb., o nakládání se surovými diamanty, o podmínkách jejich dovozu, vývozu a tranzitu, např. kontrola a potvrzení pravosti certifikátu při dovozu, vystavování certifikátu Společenství při vývozu, fyzická kontrola obsahu zásilky surových diamantů, včetně stanovení jejich fyzikálně – chemických vlastností, jakož i oprávnění sankční).
Kompetence k hospodaření s majetkem, který v souvislosti s porušením celně právních předpisů anebo na základě těchto předpisů připadl státu, a dále s dopravními prostředky, které propadly nebo byly zabrány v souvislosti s porušením právních předpisů upravujících správu spotřebních daní.
Kontrola podle zákona č. 254/2004 Sb., o omezení plateb v hotovosti.
Kontroly legálního zaměstnávání cizinců, tj. kontrola, zda cizinec vykonává práci pro právnickou nebo fyzickou osobu na základě pracovněprávního vztahu nebo jiné smlouvy a zda ji vykonává v souladu s vydaným povolením k zaměstnání (zákon č. 435/2004 Sb., o zaměstnanosti).
