Účelem Celního informačního systému je napomáhat předcházení, šetření a odhalování operací, které jsou v rozporu s celními nebo zemědělskými předpisy Evropské unie nebo jsou závažnými porušeními vnitrostátních předpisů členských států Evropské unie, a to zvýšením účinnosti spolupráce a kontroly příslušných orgánů členských států Evropské Unie prostřednictvím rychlejšího šíření informací.
Celní informační systém (CIS) je tvořen dvěma centrálními databázemi „CIS EU“ a „CIS MS“. Speciální součástí CIS je i Identifikační databáze celních spisů (FIDE). CIS je vytvořen na základě Nařízení Rady EU 515/97 a Rozhodnutí Rady 2009/917/SVV. Transpozice Rozhodnutí Rady 2009/917/SVV do právního řádu ČR bylo provedeno v Zákoně č. 17/2012 Sb. ze dne 8. prosince 2011 o Celní správě České republiky.
Další podrobnosti týkající se CIS jsou uvedeny v souboru „Informace o CIS.pdf"
