Organizační struktura Celní správy ČR je dvoustupňová a tvoří ji Generální ředitelství cel ČR a jemu je podřízeno 15 celních úřadů. Organizační schema je níže. Odlišnou organizační strukturu od všech celních úřadů má Celní úřad pro Liberecký kraj, Celní úřad pro Plzeňský kraj, Celní úřad pro Kerlovarský kraj a Celní úřad Praha Ruzyně.
Generální ředitelství cel 11x Celní úřad CU-Liberecký kraj CU-Plzeňský kraj
CU-Karlovarský kraj CU-Praha Ruzyně
