Ochrana společnosti a životního prostředí Již zmiňovaná základní úloha celní správy v oblasti ochrany společnosti nabývá v poslední době na významu a postupně převyšuje její tradiční fiskální roli. Události po 11. září 2001 tento trend ještě urychlily a zdůraznily nutnost kontroly mezinárodního pohybu zbraní a vojenského materiálu, rizikových biologických látek, radioaktivních materiálů, včetně zboží dvojího použití. V tomto směru mají celní orgány oprávnění kontrolovat i přenos softwaru a technologie dvojího použití elektronickými prostředky až do místa určení mimo území Společenství. Celní správa rovněž zajišťuje činnost stálých a pohotovostních složek celostátní radiační monitorovací sítě spočívající zejména v měření radionuklidové kontaminace osob, dopravních prostředků, zboží, předmětů a materiálů pomocí stacionárních detekčních zařízení na vybraných měřících místech na pozemních hraničních přechodech. Celní orgány ve všech výše jmenovaných oblastech úzce spolupracují s dalšími orgány státní správy, zejména se Státním úřadem pro jadernou bezpečnost. Ochrana je vskutku klíčovým prvkem činnosti celní správy, netýká se zdaleka jen domácího trhu, nebo zdraví a bezpečnosti občanů. Celní správa plní významné úkoly v oblasti ochrany duševního vlastnictví. V rámci kontrol prováděných zpravidla společně s pracovníky České obchodní inspekce dochází k zabavení velkého množství nedovolených napodobenin a padělků, jehož hodnota převyšuje jednu miliardu korun ročně. S tím souvisí i kompetence celní správy v oblasti ochrany spotřebitele, jež spočívá v kontrole obecné bezpečnosti výrobků. Celní orgány se u výrobků navržených k propuštění do režimu volného oběhu zaměřují především na to, zda výrobek nebo série výrobků nevykazuje znaky, které by mohly představovat vážné a bezprostřední ohrožení zdraví spotřebitele. Jedná se např. o hračky, léčiva, potraviny a podobné výrobky, které musejí být doprovázeny dokladem potvrzujícím jejich bezpečnost. Dále celní orgány kontrolují, zda je výrobek opatřen náležitým označením v souladu s platnými právními předpisy. Celní správě přísluší i významné povinnosti související s ochranou národního kulturního dědictví, zejména pak při kontrole vývozu kulturních památek, sbírkových předmětů, předmětů kulturní hodnoty a archiválií. Sleduje také, jak je dodržován předchozí souhlas ministerstva kultury nebo vlády a zda kulturní památka nebo národní kulturní památka vystavovaná, zapůjčená nebo pro jiné účely vyvezená nebo odeslaná z území ČR, byla ze zahraničí vrácena zpět v dobrém stavu. Velmi významnou oblastí s celosvětovým rozměrem je dohled celních orgánů na dodržování tzv. Washingtonské úmluvy CITES o ochraně druhů volně žijících živočichů a planě rostoucích rostlin. Česká republika se stala v roce 1992 jejím signatářem, čímž se zavázala dodržovat pravidla upravující přepravu a obchod s chráněnými druhy fauny a flóry. K úspěšné činnosti českých celních orgánů v této oblasti přispívá i jejich úzká spolupráce s ministerstvem životního prostředí a jednotlivými inspektoráty životního prostředí na regionální úrovni. Zásadní význam pak má mezinárodní spolupráce v rámci Světové celní organizace. Neméně zásadní oblastí ochrany přírody svěřenou celníkům je i problematika kontrol přepravy a balení reprodukčního materiálu lesních dřevin. Neopominutelná je i kontrolní role celníků při dovozu, vývozu a průvozu látek poškozujících ozónovou vrstvu Země a látek poškozujících ovzduší.
