Operativním článkem přímého výkonu kontrolních činností Celní správy ČR jsou především skupiny mobilního dohledu. Jejich hlavním úkolem je provádět přímo v terénu prostřednictvím motorizovaných i pochůzkových hlídek kontroly nad zbožím podléhajícím celnímu dohledu, kontroly přeprav vybraných výrobků (minerální oleje, lihoviny, pivo, víno a tabákové výrobky), a také plní úkoly v oblasti odhalování zboží porušující některá práva duševního vlastnictví. Kontrolní činnost je prováděna na celém území České republiky, a to nejen v silniční, ale i v železniční, letecké a vodní dopravě.
Hlídky mobilního dohledu rovněž sledují na pozemních komunikacích vozidla za účelem kontrol jejich nákladových prostor, kabin a dokumentů vztahujících se k dopravovanému zboží, včetně dokladů svědčících o dodržování celních a daňových předpisů, o určené trase či lhůtě prováděné přepravy. Dále v oblasti silniční dopravy vykonávají další důležité kompetence, mezi které patří kontrolní vážení a měření jízdních souprav, kontrola dálničních kupónů, kontrola plnění podmínek pro přepravu nebezpečných nákladů a odborný dozor nad prací osádek vozidel v mezinárodní silniční nákladní dopravě. Na stanovených úsecích dálnic a rychlostních komunikacích vykonávají také kontroly plnění povinnosti úhrady poplatku za užívání těchto komunikací (výkonové zpoplatnění).
Pozornost věnují hlídky i kontrole přepravy zboží dvojího použití v rámci Společenství. Mezi jejich další činnosti pak patří například kontrola dodržování podmínek stanovených celním režimem, do kterého bylo zboží propuštěno, kontrola značení spotřebitelského balení lihu kontrolní páskou, kontrola nakládání s odpady, různé asistenční služby pro územní finanční orgány a v neposlední řadě také v případě mimořádných událostí (např. při povodních) plní specifické úkoly v rámci Integrovaného záchranného systému České republiky.
