Základní úkoly v oblasti zajištění ochrany trhu a bezpečnosti mezinárodního obchodu jsou v zásadě všem celním správám společné. Mezinárodní obchod se vždy dotýká minimálně dvou celních správ a každá z nich má kontrolu jen nad částí celé obchodní operace. Z toho důvodu je nezbytné, aby celní správy vzájemně úzce spolupracovaly.
Děje se tak na základě mezinárodních smluv, které poskytují právní rámec pro výměnu informací, předávání dokumentů, vzájemnou pomoc při šetřeních týkajících se porušování celních předpisů, apod. Česká republika sjednala smlouvy o vzájemné pomoci v celních otázkách s více než dvaceti státy. V tomto ohledu nelze opominout ani další podstatnou skutečnost, že Celní správa České republiky patří k dlouholetým členům Světové celní organizace, což významnou měrou přispívá k snazší komunikaci s ostatními celními správami po celém světě. Je samozřejmé, že nejužší spolupráce probíhá mezi celními správami Evropské unie, které společně zajišťují provádění dohledu nad jednotným celním územím Evropské unie na základě společné celní legislativy. Tato spolupráce je upravena právními předpisy EU a je rozšířena Úmluvou Neapol II a Rozhodnutím Rady o celním informačním systému. Důležitým úkolem Evropské komise je zajistit, aby společné celní předpisy byly prováděny na celém území EU jednotně, čímž budou vytvářeny stejné podmínky pro všechny obchodní subjekty, které
dovážejí nebo vyvážejí zboží. Jedním z nástrojů k dosažení tohoto cíle je unijní program Customs 2013 (a na
něj navazující program Customs 2020), který je zaměřen na podporu a rozvoj činností celních správ EU s cílem průběžně zavádět do praxe jednotné metody odpovídající novým trendům v celní oblasti. Česká celní správa se do tohoto programu zapojila již koncem 90. let a nadále se ho aktivně účastní.
