Velmi významnou kompetencí českých celních orgánů je správa vymezených daní, kdy celní orgány vedou daňová řízení v procesním postavení správce daně, přičemž se řídí procesní normou – daňovým řádem (zákon č. 280/2009 Sb.). Celní orgány spravují od 1. 1. 2004 veškeré spotřební daně, na základě zákona č. 353/2003 Sb. S tím souvisí i kompetence v oblasti správy daně z lihu a kontroly spotřebitelského balení lihu, založené samostatně na základě zákona o lihu (č. 61/1997 Sb.) a zákona o povinném značení lihu (č. 676/2004 Sb. a následně č. 307/2013 Sb.), účinného od 1. 7. 2005. Dále celní orgány spravují ekologické daně na základě zákona o stabilizaci veřejných rozpočtů (zákon č. 261/2007 Sb.), a to od 1. 1. 2008. Konečně pak jsou celní orgány správcem daně z přidané hodnoty, to však pouze v případech dovozu zboží ze třetích zemí, kdy deklarant není v Česku registrován jako plátce DPH (zákon č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty).
