Problematiku uplatnění vrácení daně z minerálních olejů používaných pro zemědělskou prvovýrobu upravuje § 57 zákona o SPD za použití vyhlášky č. 79/2019 Sb., o způsobu výpočtu výše nároku na vrácení spotřební daně z minerálních olejů spotřebovaných v zemědělské prvovýrobě nebo při provádění hospodaření v lese ve znění pozdějších předpisů.Nárok na vrácení daně vzniká osobě podnikající podle zákona upravujícího zemědělství, která provozuje zemědělskou prvovýrobu (rostlinná výroba, živočišná výroba podle plemenářského zákona, rybníkářství podle zákona upravujícího rybářství), nebo osobě, která provádí hospodaření v lese podle lesního zákona. Pro jednotný postup správce daně při administraci vratky ze zelené nafty byla vydána metodická informace č. 29/2021. Součástí této metodické informace je seznam činností, na které lze uplatnit nárok na vrácení daně ze zelené nafty.
