Výkazy se předávají elektronicky místně příslušnému celnímu úřadu podle sídla společnosti.
Pro elektronické podání výkazu (pomocí aplikací InstatDesk nebo InstatOnline) je nutná registrace ke směru (přijetí/odeslání), ve kterém vznikla povinnost vykazovat data Intrastatu, u místně příslušného celního úřadu na základě vyplněného formuláře – Přihláška k registraci/Oznámení o změně registračních údajů
Pro předání formuláře doporučujeme využít datových schránek, kdy stačí zaslat vyplněnou Přihlášku k registraci nebo Oznámení o změně registračních údajů pro Intrastat místně příslušnému celnímu úřadu.
V případě, kdy přihlášku nebo oznámení za zpravodajskou jednotku odesílá zástupce, je nutné k vyplněné žádosti přiložit plnou moc.
Papírová forma výkazu pro Intrastat je určena pro jednorázové výkazy a to pouze v případě, že zpravodajská jednotka nemá povinnost vykazovat data v opačném směru pohybu zboží.