K několika zásadním změnám došlo v systému sběru dat pro statistiku obchodu se zbožím mezi členskými státy Evropské unie zvaném INTRASTAT účinností novely vyhlášky o statistice dováženého a vyváženého zboží mezi Českou republikou a státy EU.
Fyzickým i právnickým osobám, které dosáhnou prahu pro vykazování a jsou v České republice registrovány k DPH, vznikla od ledna 2009 povinnost předávat celnímu úřadu výkazy pro Intrastat v elektronické podobě, (písemně lze výkazy předávat pouze ve výrazně omezených případech, nesmí mít například více než 15 řádků pro přijetí nebo pro odeslání zboží), uvádět do výkazu údaj o vlastní hmotnosti zboží; v novele vyhlášky jsou definovány nové dvoumístné kódy povahy transakcí, zjednodušily se kódy dodacích podmínek, upravily se limity pro provádění oprav a jiné. Mezi nejvýznamnější změny patří dále zvýšení hodnot prahů pro vykazování na 8 milionů Kč. Intrastat v roce 2009 musí zároveň vykazovat zpravodajské jednotky, které v roce 2008 překročily osvobozující práh (2 a 4 miliony Kč).
Výkazy lze podávat elektronicky následujícími způsoby: Programem IDES-CZ, který je offline aplikací zdarma ke stažení; webovou aplikací INSTATONLINE – import dat v tomto případě omezuje 500 vět měsíčně za zpravodajskou jednotku, k dispozici je také v anglické verzi; aplikací INSTATIMPORT sloužící pro větší importy dat, u této aplikace je ovšem povinný elektronický podpis; alternativní ke komerčním SW a poskytovaná celní správou zdarma, využívá Portál veřejné správy. Další možnosti skýtá komerční SW cestou Portálu veřejné správy, což lze doporučit pro velké podniky s vlastními ekonomickými informačními systémy; rovněž i v tomto případě je povinný elektronický podpis.
Výkaz podávají zpravodajské jednotky za jednotlivé měsíce od 1. 1. 2009 při elektronickém podání nejpozději 12. pracovní den následující po referenčním období, v případě podání na tiskopisu 10. pracovní den následujícím po referenčním období.
Další informace k provádění INTRASTAT v roce 2009 naleznete na webových stránkách Celní správy ČR www.celnisprava.cz v menu „Clo, daně, obchod se zbožím“ v části „Intrastat“ a na webových stránkách Českého statistického úřadu www.szso.cz v části „Intrastat“.