Prokazování preferenčního původu v rámci Dohody mezi EU a Japonskem (dále Dohody) se provádí formou „Deklarace o původu" podle čl. 3.17 a přílohy 3-D Dohody nebo lze využít „Informovanost dovozce" podle čl. 3.18 Dohody.
Dohoda na straně EU využívá systém registrovaných vývozců (REX). Tzn., že EU vývozci, při vývozu zásilek do Japonska nad 6 000 EUR původního zboží, do „Deklarace o původu" musí uvádět své číslo registrovaného vývozce. U zásilek do hodnoty 6 000 EUR původního zboží nemusí uvádět své číslo registrovaného vývozce, a tedy vývozce nemusí být registrovaným vývozcem.
Dohoda na straně Japonska nepoužívá systém REX. Japonští vývozci do „Deklarace o původu" uvádějí pouze své japonské identifikační číslo (Japan Corporate Number). Pokud je ještě nemají, pak zůstane příslušné pole v „Deklaraci o původu" prázdné.
EU vývozci, kteří budou využívat preferenční obchod v rámci Dohody a jsou v systému REX již registrováni, se nemusí pro uplatnění preferenčního zacházení v rámci Dohody znovu registrovat.
Pro registraci je nutné podat žádost u místně příslušného celního úřadu. Žádost je možné podat i formou elektronického formuláře, který je dostupný na internetových stránkách CS (zde).
Pro uplatnění preferenčního zacházení při dovozu zboží z Japonska do EU v rámci Dohody deklarant do kolonky 44 celního prohlášení, s ohledem na čl. 3.16 odst. 3, uvádí následující nové kódy certifikátů TARIC:
- U110 - pokud je preferenční původ zboží prokázán na základě „Deklarace o původu" pro jednu zásilku (jednorázová deklarace) - čl. 3.16 odst. 2 písm. a) a čl. 3.17 odst. 5 písm. a) Dohody,
- U111 - pokud je preferenční původ zboží prokázán na základě „Deklarace o původu" pro více zásilek totožných produktů/zboží (dlouhodobá deklarace) - čl. 3.16 odst. 2 písm. a) a čl. 3.17 odst. 5 písm. b) Dohody,
- U112 - pokud je preferenční původ zboží prokázán na základě „Informovanosti dovozce" - čl. 3.16 odst. 2 písm. b) Dohody.
Vzhledem ke skutečnosti, že japonští vývozci do „Deklarace o původu" používají pouze své japonské identifikační číslo (Japan Corporate Number), pro uplatnění preferenčního zacházení při dovozu zboží z Japonska do EU v rámci Dohody deklarant do kolonky 44 celního prohlášení neuvádí kód certifikátu TARIC C100. Tento kód je určen pouze pro případy, kdy preferenční původ je prokázán registrovaným vývozcem v třetí zemi při dovozu do EU.