V rámci projektu Single Window, jehož hlavní úlohou je ověřování dokladů v rámci celního řízení se objevily případy, kdy bylo použito pro propuštění do volného oběhu veterinární osvědčení pro vnitřní obchod, jehož číslo začíná slovem „INTRA". Tento druh dokladu není společným vstupním veterinárním dokladem, ale slouží jen jako doklad v rámci obchodu na vnitřním trhu EU nebo zemí, které přijaly stejné veterinární podmínky jako EU.
Doklad s označením začínajícím slovem INTRA se neuvádí pro certifikáty TARIC C640 (zvířata) a N853 (produkty) do kolonky 44 celního prohlášení.
Pro dovoz veterinárního zboží z Andorry, Lichtenštejnska, Švýcarska, Norska a San Marina se společný vstupní veterinární doklad nepožaduje, stejně tak při dovozu produktů živočišného původu z Islandu.
