Dne 1. 7. 2025, vznikl na základě nového organizačního uspořádáni nový Celní úřad v Praze, který převzal působnost dvou celních úřadů – Celního úřadu Praha Ruzyně a Celního úřadu pro Hlavní město Prahu. Vedení celního úřadu, reprezentované ředitelem plukovníkem Mgr. Igorem Soósem sídlí ve Washingtonově ulici v Praze 1.
Zřízení celního úřadu je součástí rozsáhlé transformace Celní správy České republiky, vycházející ze strategie Generálního ředitelství cel pro období let 2023–2026. Ta reaguje mimo jiné na potřebu zvýšení efektivity, úsporná opatření, snížení administrativní zátěže podnikatelů a posílení moderního řízení veřejné správy. Dnešní struktura vykonávaných správních a právních procesů je již z více než devadesáti procent elektronizována.
Transformace Celní správy České republiky se v první fázi opírá o novelu zákona č. 349/2023 Sb., kterou se mění některé zákony v souvislosti s konsolidací veřejných rozpočtů. Na základě této legislativní změny zaniklo ke dni 30. června 2025 patnáct stávajících celních úřadů a od 1. července je nahradilo šest nástupnických, kdy jedním z nich je právě Celní úřad v Praze. Cílem druhé části reformy je provedení organizačně-kompetenčních změn v právních předpisech upravujících působnost celní správy.
Nově vzniklý celní úřad bude nadále pokračovat ve výkonu širokého spektra činností v oblastech celnictví z pohledu letecké přepravy cestujících, letecké i pozemní přepravy obchodního zboží, přepravy poštovních zásilek, správy spotřebních daní, dohledu nad pohybem zboží, výkonu správních činností a dalších významných kompetencí s využitím digitálních nástrojů a online služeb, které usnadňují komunikaci a správu celních agend.
Pracoviště pražského celního úřadu jsou rozmístěna na mezinárodním Letišti Václava Havla v Ruzyni, dvě pracoviště se nacházejí v Praze Štěrboholích a jedno v městské části Praha Uhříněves.
