Postupy celních orgánů v rámci celního řízení od vstupu České republiky do Evropské unie již neupravuje pouze národní legislativa, ale především legislativa Evropské unie, která definuje jednotné postupy celního řízení pro všechny její členské státy. Celní správa České republiky se aktivně zapojila do procesu modernizace a komputerizace celního řízení, který vychází zejména z vytvoření Modernizovaného celního kodexu Evropské unie a k němu návazného programu jednotného počítačového zpracování celních režimů - takzvaného e-Customs. Výsledkem tohoto procesu je masivní použití elektronické formy podávání celních prohlášení nejenom v režimu tranzitu (za použití systému NCTS) a vývozu (za použití systému e-Vývoz), ale rovněž ve všech
dovozních celních režimech (za použití systému e-Dovoz).
Stav z konce roku 2012, kdy v režimech tranzitu a vývozu je podáno 99,9 % a v dovozních režimech více jak 93 % celních prohlášení elektronicky, dokazuje vysokou úroveň modernizace a komputerizace celního řízení v Celní správě České republiky.
Mezinárodní letiště
Specifikou České republiky je skutečnost, že s výjimkou mezinárodních letišť nemá žádnou hranici se zeměmi, které nejsou členy Evropské unie. Na mezinárodních letištích, z nichž k největším a nejzatíženějším patří Letiště Václava Havla v Praze, Letiště Leoše Janáčka v Ostravě, letiště v Brně, Karlových Varech a Pardubicích, proto vykonává celní správa veškeré činnosti související s klasickou kontrolou na hranicích.
Celní úřady
Celní úřad je základní výkonnou jednotkou Celní správy České republiky, ve které jsou soustředěny
všechny její základní činnosti. Úkony v rámci celního a daňového řízení mohou být rovněž vykonávány na územních pracovištích, která jsou součástí celních úřadů pro jednotlivé kraje.
