Se vstupem České republiky do Evropské unie 1. května 2004 zůstaly celní organý správcem daně z přidané hodnoty pouze při dovozu zboží ve vybraných případech, jak stanovuje zákon č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty.
Celní úřad zůstává po 1. lednu 2005 správcem daně tehdy, pokud
- je dovezené zboží propuštěno osobě, která není plátcem DPH (dále jen „neplátce DPH“), do celního režimu volného oběhu nebo aktivního zušlechťovacího styku v systému navracení, do celního režimu dočasného použití s částečným osvobozením od dovozního cla,
- dovezené zboží bylo propuštěno osobě, která je plátcem DPH, do celního režimu volného oběhu nebo aktivního zušlechťovacího styku v systému navracení, pokud zboží bylo do těchto režimů propuštěno na základě rozhodnutí celního úřadu, které nebylo učiněno na tiskopise JSD,
- v případech, kdy vzniká daňová povinnost podle § 23 odst. 1 písm. b) až d) zákona o DPH, tj. při nezákonném dovozu zboží, při porušení podmínek dočasného uskladnění zboží nebo při porušení podmínek stanovených pro celní režim, do kterého bylo dovážené
