Celníci na oddělení Dohledu nad subjekty celních úřadů, v rámci odboru Dohledu, provádějí hlavně kontrolní činnost v terénu, tedy přímo u subjektů (provozovatelů), přičemž se zaměřují na kontrolu zdanění vybraných výrobků, jako jsou minerální oleje, tabák, tabákové listy, tabákové výrobky, líh, lihoviny, pivo. V provozovnách kontrolují značení lihu a tabákových výrobků, pátrají po zboží uniklému dohledu celních orgánů a kontrolují omezení nebo zákazy prodeje lihovin a tabákových výrobků ve stáncích či na tržištích.
Celníci oddělení Dohledu nad subjekty celních úřadů kontrolují také dodržování práv duševního vlastnictví, přičemž spolupracují s organizacemi zastupujícími držitele těchto práv, dále provádějí kontroly dodržování zákonů v oblasti CITES (Úmluva o mezinárodním obchodu s ohroženými druhy volně žijících živočichů a rostlin) a o nakládání s předměty kulturní hodnoty. Kontrolní činnost provádějí také při společných součinnostních akcích s Českou obchodní inspekcí, Státní veterinární správou a při kontrole zaměstnávaní cizinců s oblastními inspektoráty a úřady práce.
Nově provádějí celníci útvarů Dohledu nad subjekty kontroly evidence tržeb a provozování hazardních her a s tím související regulací reklamy.
