Procesním předpisem pro správu spotřebních daní je zákon č. 280/2009 Sb., daňový řád, ve znění pozdějších předpisů, který se použije tehdy, neupravuje-li jiný zákon správu daní jinak (zejména zákon č. 353/2003 Sb., o spotřebních daních, ve znění pozdějších předpisů). Daňový řád upravuje postup správců daní, práva a povinnosti daňových subjektů a třetích osob, které jim vznikají při správě daní.
Správci daně postupují při správě daní v souladu se zákony a jinými právními předpisy a respektují základní zásady správy daní (§ 5 – § 9 daňového řádu). Cílem správy daní je správné zjištění a stanovení daní a zabezpečení jejich úhrady. Daňové řízení se skládá z dílčích řízení (§ 134 daňového řádu) a trvá v latentní podobě po celou dobu existence daňové povinnosti, tedy ve vztahu k nalézacímu řízení do uplynutí lhůty pro stanovení daně a ve vztahu k placení daní do uplynutí lhůty pro placení daně.
Zákon č. 353/2003 Sb., o spotřebních daních, ve znění pozdějších předpisů, rovněž vymezuje přestupky vyskytující se na různých úsecích správy spotřebních daní (např. na úseku daně z tabákových výrobků, na úseku značkování a barvení vybraných minerálních olejů atd.). V řízení o přestupcích postupují orgány Celní správy České republiky podle zákona č. 250/2016 Sb., o odpovědnosti za přestupky a řízení o nich, ve znění pozdějších předpisů, se subsidiárním použitím zákona č. 500/2004 Sb., správní řád, ve znění pozdějších předpisů.
V souvislosti se správou spotřební daně z lihu mají orgány Celní správy České republiky působnost podle zákona č. 307/2013 Sb., o povinném značení lihu, ve znění pozdějších předpisů, který stanovuje podmínky nakládání s lihem a povinné značení lihu ve spotřebitelském balení. Při výkonu působnosti podle tohoto zákona se postupuje podle daňového řádu, s výjimkou řízení o přestupcích.
