Přihláška k registraci se podává elektronicky (§ 6f zákona o PHM) místně příslušnému celnímu úřadu. Pro určení místní příslušnosti celního úřadu se postupuje podle § 13 a násl. zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „daňový řád“), a § 10 zákona č. 17/2012 Sb., o Celní správě České republiky, ve znění pozdějších předpisů.Formuláře k registraci právnických osob a fyzických osob a jejich změně, včetně pokynů pro jejich vyplnění, jsou stanoveny v přílohách č. 18, 19 a 24 vyhlášky č. 458/2020 Sb., o některých formulářových podáních v oblasti působnosti orgánů Celní správy České republiky. Formuláře jsou dostupné na webových stránkách Celní správy České republiky (dále jen „CS“), na adrese zde.
Celní úřad postupuje podle § 74 daňového řádu, má-li přihláška k registraci vady
a) pro které není způsobilá k projednání,
b) pro které nemůže mít předpokládané účinky pro správu daní,
c) které spočívají ve skutečnosti, že přihláška nebyla učiněna stanoveným způsobem, a které nejsou současně vadami podle písmene a) nebo b), nebo
d) které spočívají ve skutečnosti, že přihláška nebyla učiněna ve stanoveném formátu nebo struktuře, a které nejsou současně vadami podle písmene a) nebo b).
Celní úřad vyzve registrující se osobu, aby vady odstranila. Ve výzvě celní úřad popíše jím shledané vady přihlášky k registraci a uvede pokyny k jejich odstranění. Ve výzvě celní úřad stanoví rovněž lhůtu (§ 32 daňového řádu), v níž je registrující se osoba povinna uvedené vady odstranit.
Nebudou-li na výzvu odstraněny vady uvedené výše pod písm. a) nebo b), k jejichž odstranění celní úřad vyzval, stává se přihláška k registraci uplynutím lhůty stanovené ve výzvě neúčinnou. Taková přihláška k registraci nemá účinky úkonu, kterým se zahajuje řízení, a proto celní úřad ani nevydává rozhodnutí o zastavení řízení, neboť zde nedošlo k jeho zahájení. O neúčinnosti přihlášky k registraci pořídí celní úřad úřední záznam a vyrozumí o neúčinnosti registrující se osobu. Vyrozumění není třeba, pokud registrující se osoba na výzvu celního úřadu nijak nereagovala a neučinila vůči celnímu úřadu žádný úkon.
Pokud dojde k odstranění vad přihlášky k registraci, které celní úřad označil ve výzvě, ve stanovené lhůtě, hledí se na přihlášku k registraci, jako by byla učiněna řádně a včas; tzn. za den podání přihlášky k registraci je považován původní den podání, byť vadné, přihlášky k registraci.
Pokud dojde k odstranění vad uvedených výše pod písm. a) nebo b) přihlášky k registraci, které celní úřad označil ve výzvě po uplynutí stanovené lhůty, přihláška k registraci se považuje za nově podanou, a to ke dni, kdy byla věcně a místně příslušnému celnímu úřadu doručena opravená přihláška k registraci. Dosud předložená potvrzení se považují za součást nové přihlášky k registraci.
Nebudou-li na výzvu odstraněny vady uvedené výše pod písm. c) nebo d), k jejichž odstranění celní úřad žadatele vyzval, celní úřad přihlášku projedná a současně uloží pokutu dle § 247a odst. 2 daňového řádu.
