Při práci s aplikací NWK její uživatel vytváří především tranzitní nebo vývozní doklady. Na následujících diagramech je znázorněn životní cyklus vydaného a přijatého E-TCP. Jednotlivé stavy odpovídají informacím, které se uživatel dočte v aplikaci v seznamu dokladů. Navíc v uživatelském profilu je možnost nechat se od aplikace na vybrané stavy upozorňovat emailem. Přechod z jednoho stavu do druhého je vyvolán buď akcí uživatele (červené přechody) nebo odpovědí aplikace / akcí CÚ (modré přechody).
Nejprve je nutno pořídit novou deklaraci do režimu tranzitu a předat k elektronickému podání na CÚ odeslání. Aplikace NWK deklaraci do režimu tranzitu odešle ve formě zprávy D_N_POD ve formátu XML na elektronickou bránu Celní správy ČR, která ji předá příslušnému CÚ odeslání. Tímto je deklarace do režimu tranzitu elektronicky podána a je nutno vyčkat na elektronickou odpověď CÚ odeslání. Je-li E-TCP bez chyb, je aplikací NCTS provozovanou na CÚ odeslání přijato a hlavní povinný obdrží automaticky odesílanou zprávu C_R_PRI. Pokud byly v E-TCP zjištěny chyby, obdrží hlavní povinný informaci o zjištěných chybách v automaticky odeslané zprávě C_I_CHB.
Nyní je nutno vyčkat na další zpracování E-TCP na CÚ odeslání, v rámci kterého je možno použít standardní postup nebo zjednodušený postup schváleného odesílatele. Během této doby je možno E-TCP stornovat (odesláním D_N_STO) nebo CÚ odeslání může rozhodnout o provedení kontroly (bude doručena zpráva C_R_KON). Nakonec však bude E-TCP zpracováno do rozhodnutí o propuštění zboží do režimu tranzitu (je doručeno zprávou C_R_PRO) nebo bude E-TCP zpracováno do rozhodnutí o nepropuštění deklarovaného zboží do režimu tranzitu (je doručeno zprávou C_R_NPR).
Rozhodnutí o propuštění zboží do režimu tranzitu je možno vytisknout v podobě TDD a zahájit přepravní operaci. Po ukončení režimu tranzitu na CÚ určení a informování CÚ odeslání je hlavnímu povinnému doručena tato informace ve formě zprávy C_R_ODP. Budou-li na CÚ určení zjištěny nějaké nesrovnalosti v přijaté zásilce, je hlavní povinný informován o zjištěných nesrovnalostech nebo závadách zprávou C_R_ODCH.
V případě, kdy zboží propuštěné do režimu tranzitu není předloženo CÚ určení nebo schválenému příjemci ve stanovené lhůtě, je hlavní povinný informován zprávou C_I_PAT o zahájení pátrání po zásilce. Jeho povinností je informovat CÚ o skutečném místě ukončení zásilky nebo se dostavit na CÚ za účelem dořešení dalších nesrovnalostí.
Je-li příjemci předloženo zboží propuštěné do režimu tranzitu ve stanovené lhůtě a s neporušenou celní závěrou, informuje příjemce o této skutečnosti CÚ určení formou zprávy D_N_UKO. Je-li tato zpráva bez chyb a jedná-li se o schváleného příjemce, jsou mu zprávou C_R_VYK zaslána data rozhodnutí o propuštění zboží do režimu tranzitu a schválený příjemce může zahájit vykládku. Ukončení vykládky oznamuje schválený příjemce CÚ určení zprávou D_I_VYK. Potvrzení o ukončení režimu tranzitu schváleným příjemcem CÚ určení oznamuje příjemci zprávou C_R_UKO. V případě neschváleného příjemce musí být po oznámení příjezdu zásilka zkontrolována pracovníky CÚ odeslání, a poté může být tranzit ukončen. Pokud se v daném časovém období schválený příjemce nedostaví na CÚ určení s dokumenty k tranzitu, bude k tomu vyzván zprávou C_R_DOC.
Ve výjimečných případech může být přijetí zásilky odmítnuto. O takové situaci informuje CÚ určení příjemce zprávou C_R_ODO.
